本院在日治時代，為臺北地方法院花蓮港支部，臺灣光復後，臺灣高等法院於民國三十五年一月，派前臺北地方法院推事（即法官）施炳訓先生接收，改組為臺灣花蓮港地方法院，民國四十年七月改名為臺灣花蓮地方法院迄今，院址原設於花蓮市中正路三二一號。在審檢分隸以前，隸屬於行政院司法行政部（法務部前身），至民國六十九年七月一日改隸司法院。
民國四十年十月花蓮大地震，花蓮市災情極為嚴重，前司法行政部鄭前部長彥棻先生，為改善法院辦公廳舍，並配合地方政府整體遷建計畫，地方公務機關分向美崙地區遷移，乃擇定現址花蓮市府前路十五號興建新的辦公廳舍，於五十三年十月動工興建，翌年三月底竣工，五月二日遷入啟用。
民國七十七年初再於大樓西側，增建二層樓房及地下室，補充不足之辦公室及檔卷室等。惟因近幾年來，隨著社會變遷，法院業務增加，原有辦公廳舍及法庭已不敷使用，乃於八十一、八十二會計年度先後興建法庭大樓、法官大樓及公證大樓（八十八年七月六日更名為聯合服務大樓），各大樓均為現代化建築，方便民眾洽公。
花蓮縣現轄一市十二鄉鎮，總面積約四千六百餘平方公里，人口約三十四萬餘人，原住民約八萬九千餘人，約佔花蓮縣總人口四分之一。就地理環境而言，花蓮縣地形狹長，南北縱長近一百五十公里，東西㠙約四十餘公里，境內多山，山地佔全縣總面積百分之八十七，居民需要司法服務多須長途跋涉、翻山越嶺至本院進行訴訟，為便民、利民、節省人民勞費，於花蓮市、鳳林鎮、玉里鎮設置簡易庭，其中鳳林簡易庭因距離花蓮市較近，民眾往返尚稱方便，且案件量不多，於九十六年七月一日裁撤。
